В настоящее время широкое применение в диагностике туберкулеза нашла Генетическая тест-система Hain MTBDR plus. Эта система используется для одновременного обнаружения устойчивости к изониазиду и рифампицину, а так же к фторхинолонам и инъекционным препаратам. Метод основан на детекции наиболее часто встречающихся мутаций в генах, ассоциированных с устойчивостью к данным препаратам. Время от приема образца для исследования до получения результата составляет 1-2 дня. В связи с тем, что проведение этого исследования технически более сложно, а сам тест более чувствителен к контаминации образца, чем Xpert MTB/RIF, данное исследование приемлемо для проведения только в лабораторных условиях.